在腹泻期间卵囊可能并不排出，因此粪便漂浮检查卵囊对于猪球虫病的诊断并无多大价值。
确定性诊断必须从待检猪的空肠与回肠检查出球虫内生发育阶段的虫体。
各种类型的虫体可以通过组织病理学检查，或通过空肠和回肠压片或涂片染色检查而发现，后一种方法对于实际工作者来说是一种快速而又实用的方法。
用于血液涂片检查的任何一种染色方法(如瑞氏、姬氏、新甲基蓝)均能将新月型的裂殖子染成紫蓝色。狄夫染色法也已用于涂片染色。虽然对腹泻粪便可用漂浮法检出卵囊，但最好的诊断方法是在小肠内查出内生发育阶段的虫体。
球虫病必须区别于轮状病毒感染、地方性传染性胃肠炎、大肠杆菌病、梭菌性肠炎和类圆线虫病。由于这些病可能与球虫病同时发生，因此也要进行上述疾病的鉴别诊断。
