1、症状诊断
仔猪红痢的流行特点、症状和病理变化都很典型，不难做出诊断。
仔猪梭菌性肠炎主要发生在出生后3天内的仔猪，出血性下痢，发病急剧，病程短促，死亡率极高。
剖检可见空肠段有出血性炎症及坏死，肠浆膜下有小气泡，肠腔内容物呈红色并混杂小气泡，这些都是本病诊断特征。
2、实验室诊断
细菌学及毒素的检查是实验室诊断的可靠依据。
1、细菌形态检查 imuyi.com
用病变明显的肠内容物涂片，革兰氏染色后镜检，常见到大量的形态一致的革兰氏阳性大杆菌，单个、两个或短链，菌端整齐，其中一部分呈芽孢形态出现。
2、细菌的分离培养
主要从小肠内容物中分离细菌，内脏器官则不一定能分出细菌。少数病例能由肝、脾、心脏、血液、肠淋巴结、胸水、腹水及心包液等分离出细菌。
将肠内容物接种于厌氧肉肝汤培养基中，隔水加热80℃(水锅中)15～20min，然后置37℃培养24h，培养物呈均匀混浊，并有大量气体产生。将培养物移种于葡萄糖血液琼脂平板上，厌氧培养18～24h，可长出半透明、表面光滑、边缘整齐的大菌落。可见菌落形成内层透明、外层不完全溶血的双层溶血环；同时可见接触空气后的菌落变为绿色，是其特征。
3、生化试验
取纯培养物做生化试验，生化特性见病原学部分。
4、肠内容物毒素检查
取刚死亡的病猪空肠内容物，酌加1～2倍生理盐水稀释，混合均匀后，以每分钟3000转离心30～60min，用灭菌滤器过滤后，取滤液0.2～0.5mL，静脉注射一组体重为18～22g小鼠。大部分小鼠可于5～lOmin内迅速死亡，这证明肠内容物中有毒素存在。也可取一份滤液60℃加热30min后，分别静脉注射家兔1～3mL，或小鼠0.1～0.3mL，加热组试验动物不发生死亡。
为证明毒素是否为C型产气荚膜梭菌所产生，可在0.2～0.5mL肠内容物的滤液中，加入C型和D型魏氏梭菌抗毒素血清0.1mL做中和试验，这种毒素即被C型魏氏梭菌中抗毒素中和，再静注小鼠，则不引起死亡，而不能被D型魏氏梭菌抗毒素中和。证明死亡仔猪肠内容物中的有毒物质是C型魏氏梭菌产生的毒素，这种毒素不能被D型魏氏梭菌抗毒素中和。
5、培养物中毒素检查
将分纯的细菌接种于肉肝胃消化汤中，培养18～20h，取培养物离心，取离心上清液0.1～0.2mL，静脉注射10～20g小鼠，如果小鼠迅速死亡，可证明培养物中含有毒素，再按上段介绍的中和试验鉴定菌型。
有必要时，也可进行血清学定型鉴定实验来判定菌型。
