仔猪梭菌性肠炎不同病程的死亡仔猪，其病理变化基本相似，只是由于病程长短不一，病变的严重程度有差异。
典型的病理变化在空肠，有的可波及到回肠。剖开腹腔后，清楚地看到某一小肠段(多数在空肠)呈深红至黑紫红色，病变和正常肠段两端界限明显，剪开肠管可见肠腔内充有红黄色或暗红色内容物，其内混杂多量气泡，肠黏膜潮红、肿胀、出血，甚至出现灰黄色麸皮样坏死。
病程稍长的病例，肠管以坏死性变化为主，肠管壁变厚，肠黏膜上附有黄色或灰色坏死假膜。有些病例在肠浆膜下及肠系膜内积有数量不等的小气泡。肠系膜淋巴结肿大或出血。腹腔内有多量红黄色积液。有的病例可见到胸水及心包液增多，心外膜出血。肝淤血或出血，色泽深浅不均，质较脆，脾脏边缘和肾皮质部有小出血点。
提示：A型产气荚膜梭菌引起的病理变化与C型菌引起的仔猪红痢相比基本相似，但心包液、胸水、腹水未见明显增多，肠系膜、浆膜上的气泡较为少见，多为肠管充气，颌下、胸腹部皮下有浅黄色胶冻样浸润或水肿。
