在发病猪群中，C型魏氏梭菌常存在于一部分母猪的肠道中，随粪便排到体外，污染周围环境。猪舍的地面、垫草、饲养管理用具和运动场，以及周围的土壤、下水道等处存有此菌。
初生仔猪出生后很快接触被污染的母猪体表和乳头、泥土和垫草，将本菌芽孢吞入消化道内而感染发病。芽孢在猪体小肠中发芽繁殖，侵入绒毛上皮组织，沿基底膜繁殖扩散，并产生大量毒素，引起肠黏膜发炎、充血、出血或坏死。毒素通过肠壁吸收而引起毒血症，致使仔猪发病和死亡。本菌还可侵入肠道浆膜下和肠系膜淋巴结中，引起炎症，并产生气体。
仔猪梭菌性肠炎主要发生在生后1～3天以内的仔猪，1周龄以上的很少发病。发病快，病程短，死亡率极高。在同一猪群各窝仔猪的发病率不完全相同，发病率最高可达100%，病死率50%～90%或以上。
品种和季节对发病无明显影响，但以冬春两季发病较多。
