根据本病的流行病学、临诊特点和病理变化等可做出初步诊断，但确诊需要进行实验室诊断。
1、细菌学诊断
可采取病死猪的肝脏、脾脏、肺脏、排泄物、关节液、流产胎儿等病料。取病变组织涂片，采用姬姆萨染色或荧光抗体染色，能见到肝、脾、肺上有稀疏的衣原体。膀胱和胎盘涂片有时可见到大量衣原体及包涵体。病料经无菌处理后可接种鸡胚或小鼠，剖检可观察到特征性的病理变化。
2、血清学试验
血清学试验有补体结合反应(CF)、血凝抑制试验(HI)、团集补体吸收试验(CCA)、毛细血管凝集试验(CTA)，琼脂凝胶沉淀试验(AGP)，间接血凝试验(IHA)、免疫荧光及免疫酶试验等。补体结合反应是国内最常用的经典方法。
近年来，免疫酶联染色法、Dot-ELISA、衣原体单克隆抗体、核酸杂交与核酸探针技术等也日益受到重视。
3、鉴别诊断
猪衣原体病应与一些引起繁殖障碍的疫病如猪瘟、猪繁殖与呼吸综合征、流行性乙型脑炎、猪细小病毒感染、猪伪狂犬病、猪流感、布鲁氏菌病、钩端螺旋体病、弓形虫病、附红细胞体病以及其他病原和霉菌毒素所致的流产和繁殖障碍进行区别，还应注意与因饲养管理不良和营养缺乏引起的非传染性繁殖障碍进行鉴别。 imuyi.com
