猪衣原体病的潜伏期长短不一，短则几天，长则可达数周乃至数月。依据临诊表现，可分为流产型、肺炎型、关节炎型和肠炎型等。
怀孕母猪感染后引起早产、死胎、流产、胎衣不下、不孕症及产下弱仔或木乃伊胎。
初产母猪发病率高，一般可达40%～90%，早产多发生在临产前几周(妊娠100～104天)发生，妊娠中期(50～80天)的母猪也可发生流产。
母猪流产前一般无任何表现，体温正常，也有的表现出体温升高(39.5～41、5℃)。产出仔猪部分或全部死亡，活仔多体弱、初生重小、拱奶无力，多数在出生后数小时至1～2日死亡，死亡率有时高达70%。
公猪生殖系统感染，可出现睾丸炎、附睾炎、尿道炎等生殖道疾病，有时伴有慢性肺炎。
仔猪还会表现出肠炎、多发性关节炎、结膜炎，断奶前后常患支气管炎、胸膜炎和心包炎。表现为体温升高、食欲废绝、精神沉郁、咳嗽、喘气、腹泻、跛行、关节肿大，有的可出现神经症状。
