由PCV2感染引起的断奶后多系统衰竭综合征，依据流行特点和临诊症状、剖检病变，可以作出初步诊断，确切诊断需依靠实验室相关技术。而与PCV2感染有关的繁殖障碍、肺炎、肠炎等，仅靠临诊症状是没有诊断价值的。
1、临诊诊断要点
1、 猪断奶后多系统衰竭综合征主要发生在5～12周龄的仔猪，仔猪断奶前生长发育良好。
2、在一定时期内，猪场中同窝或不同窝的断奶仔猪既有呼吸道症状，又有腹泻等表现，抗生素治疗无效或疗效不佳，病程长的猪生长发育迟缓、体重下降，有时出现皮肤苍白或黄疸。
3、死亡猪只剖检具有猪断奶后多系统衰竭综合征的病理变化，尤其是淋巴结肿胀，切面出血或呈灰黄色，脾脏轻度肿胀，肺脏肿胀，间质增宽，表面散在有大小不等的褐色实变区。其他脏器也可能有不同程度的病变和损伤。
2、实验室诊断
1、病毒的分离与鉴定：无PCV污染的PKl5细胞最常用于PCV2的分离。可取死亡猪的肺脏、淋巴结、肾脏、血清等作为病原的分离材料。由于PCV2在细胞培养中不产生细胞病变，因此，病料盲传1～3代后应进行PCV2抗原或核酸的检测加以鉴定。 imuyi.com
2、病毒的检测：可采用PCR、原位核酸杂交、间接免疫荧光试验、间接免疫过氧化物酶试验等直接检测病料中的PCV2核酸或抗原。
3、抗体检测：可采用酶联免疫吸附试验(ELISA)、免疫荧光抗体技术、免疫过氧化物酶单层试验等，检测猪血清中的PCV2抗体。但由于PCV1和PCV2之间存在抗原交叉反应，因此已有的方法不能完全区分PCV1和PCV2感染。制备PCV2特异性的单克隆抗体，或者特异性的重组抗原能够满足建立特异性血清学方法的需要。国内已建立了利用基因工程表达的PCV2重组蛋白作为抗原的ELISA抗体检测方法。
需要注意的是目前在临诊上多种病原的合并感染十分普遍，因此在检测PCV2的同时，应同时检测其他病原体(如猪呼吸与繁殖综合征病毒、猪伪狂犬病毒、猪细小病毒、副猪嗜血杆菌等)。
