流行性乙型脑炎病毒属黄病毒科(Flavividae)、黄病毒属(Flavivirus)，是一种小的病毒。病毒粒子直径约30～40nm，呈球形，20面体对称，为单股RNA。在氯化铯中的浮密度为1、24～1.25g/cm3。有囊膜，外层为含糖蛋白的纤突。外层纤突是具有血凝活性，能凝集鹅、鸭、鸽、绵羊和雏鸡的红细胞。但不同毒株的血凝滴度有明显的差异。
本病毒能在多种细胞上培养繁殖。可在鸡胚卵黄囊内繁殖，在鸡胚成纤维细胞、猪肾细胞、仓鼠肾细胞、牛胚肾细胞以及BHK21、PK15、Hela、Vero等传代细胞中增殖，并产生细胞病变和形成蚀斑。
马、牛、羊、猪、鸡都有相当高的隐性感染率，病毒在感染动物血液内存留的时间很短，主要存在于脑、脑脊髓液和死产胎儿的脑组织，以及血液、脾、肿胀的睾丸，以肿胀睾丸的含毒量最高。流行地区的吸血昆虫，特别是伊蚊属和库蚊属昆虫体内常能分离到病毒。
试验动物中，各种年龄的小鼠都有高度的易感性，是常用来分离和繁殖病毒的实验动物，其中以1～3日龄的乳鼠最易感。小鼠脑内接种最好，接种后2～4天发病，并于1～2天死亡。3～4周龄小鼠，经脑内接种病料后10～14天发病。皮下、腹腔、静脉、鼻腔等接种都可以感染。家兔、豚鼠、猫、鸽、鸡等对本病的易感性都很低。
病毒对外界环境抵抗力不强。56℃经30min，70℃经10min，100℃经2min可死亡。在低温下存活时间长，在0℃中保存3周左右，-20℃下保存1年，-70℃下保存数年。在50%甘油生理盐水中于4℃时，存活6个月。在pH7以下或pH10以上，病毒活性很快下降，最适pH为7.5～8.5。 imuyi.com
常用的消毒药有良好的消毒作用，如3%来苏儿、石炭酸可于数分钟内杀死病毒。高锰酸钾、福尔马林、升汞等亦有良好的杀灭作用，对氯仿、乙醚、酒精、丙酮、胰酶等也敏感。
