流行性乙型脑炎是一种自然疫源性疾病，原来传播于无人居住地区的温血动物，后来传到人类，成为人和动物共患的一种传染病。
乙脑病毒感染通常在动物间传播和流行，自然界约有60多种动物可感染乙脑病毒。在自然情况下，在家畜中，马、骡、驴、猪、牛、羊、鸡、鸭、犬、猫及野鸟中都能感染本病。马最易发病，猪、人次之，其他畜禽多为隐性感染。猪是乙型脑炎病毒最重要的自然增殖动物。
本病主要由带毒媒介昆虫的叮咬传播，当蚊虫叮咬病人及隐性感染和病毒血症期(血液中可带毒3～7天)的动物时，病毒即随血液进入蚊体，此蚊再叮咬健康的动物和人体，则引起病毒的传播。
几乎按蚊属、库蚊属、伊蚊属的各种蚊以及库蠓等均能传染，其中尤以三带喙库蚊为本病的主要传染媒介，病毒在其体内可迅速增至5万～10万倍。从该蚊分离到的病毒最多，约占96%，自然感染率也高。感染本病毒的蚊子终身具有传染性，并能随雌蚊越冬，经虫卵传代。
因此，带毒越冬蚊能成为次年感染动物和人的来源，所以，媒介蚊虫不仅是本病的传播媒介，也是乙脑病毒的长期储存宿主。这样，可使病毒在流行地区延续下去。
此外，有人在福建、广东、云南等地从一种叫“蠛蠓”的蠓虫体内也分离出乙脑病毒。在这些地区，蠛蠓的密度比蚊子还要高，其活动季节、吸血特性和乙脑流行一致，也是乙脑的传播媒介。
人和动物感染病毒后，绝大多数是无症状的隐性感染，血清中有中和抗体、补体结合抗体和血细胞凝集抗体，可以通过血清学反应的方法检查出来。
据本病流行地区的调查，人、马、骡、牛、猪、犬、猫及鸡的中和反应阳性率都很高。一次流行过后，猪的感染率达100%，马、驴为94%，牛92%，狗64%，鸭、鹅和各种鸟类均可感染。 imuyi.com
猪的感染最为普遍，猪感染后出现病毒血症的时间较长，血液中的病毒含量较高，媒介蚊又喜吸其血，而且猪的饲养数量大、饲养期短、周转也快，总是保持着大量新的易感猪群，容易通过猪-蚊-猪的循环，扩大病毒的传播。所以，猪是本病毒的主要增殖宿主和主要传染源。我国20世纪50年代从前苏联引入种猪时，曾将本病带入。蚊虫是乙脑的主要传染媒介。
猪不分品种和性别均易感。猪的发病年龄多与性成熟有关，大多在6月龄左右发病。其特点是感染率高、发病率低(20%～30%)、死亡率低，常因并发症死亡。绝大多数在病愈后不再复发，成为带毒猪。新疫区发病率高、病情严重，以后逐年减轻，最后多呈无症状的带毒猪。
猪流行性乙型脑炎的发生与媒介蚊虫的孳生繁殖与活动特性有密切关系，因而构成本病的流行特点，即有严格的季节性。热带地区一年四季散在发生。亚热带和温带地区有严格的季节性，绝大多数集中于夏末秋初流行，一般是7～9月，约占全年发病数的80%～90%，10月明显减少。但由于我国地域很大，南北方还略有差异，一般是南方(华南)提早1个月，6～7月；华北和东北推迟1个月，8～9月达到高峰。
