猪传染性胃肠炎的诊断可根据临诊症状、流行病学及病理变化做出初步诊断。确诊还须进行实验室诊断。实验室诊断方法主要有：
1、免疫荧光法
该法是最简便和最常用的实验室诊断方法。取腹泻早期病猪空肠和回肠的刮削物做涂片，进行直接或间接荧光染色，然后用缓冲甘油封盖，在荧光显微镜下检查，可见上皮细胞及沿着绒毛的胞浆膜上呈现荧光者为阳性。此法快速，可在2～3h内出现结果。
2、RT-PCR快速诊断法
根据TGEV标准毒株的基因序列，设计合成一对引物，片段反转录聚合酶链反应(RT―PCR)技术对发病猪的粪便进行检测，结果得到与预期大小相一致的PCR产物，则可证实该病毒为TGEV。
3、Dot-ELISA试验
该方法可用于检测粪便中的病毒抗原。
4、鉴别诊断需注意与以下几种疫病的区别：
1、流行性腹泻季节性较明显，主要发生于寒冷季节，大小猪几乎同时发生腹泻，大猪在数日内可康复，乳猪有部分死亡。应用猪流行性腹泻病毒的荧光抗体或免疫电镜可检测出猪流行性腹泻病毒抗原或病毒。
2、猪痢疾2～3月龄多发，季节性不明显，缓慢传播，流行期长，易复发，发病率高，病死率低。大肠有卡他性出血性肠炎，纤维素渗出及黏膜表层坏死等，能分离或镜检出猪痢疾蛇形螺旋体。
3、仔猪副伤寒多呈地方流行性或散发，2～4月龄猪多发，无明显季节性。急性型，初便秘，后下痢，恶臭血便。耳、腹及四肢皮肤呈深红色，后期呈青紫色，慢性者反复下痢，粪便呈灰白、淡黄或暗绿色。盲肠及结肠溃疡，并出现假膜。能分离出沙门氏菌，抗生素治疗有一定疗效。
4、仔猪黄痢和仔猪白痢两者均由致病性大肠杆菌引起，流行特点、症状和病原都不相同，还可通过细菌分离加以鉴别。
另外，由于猪流行性腹泻病毒(PEDV)、猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)和猪轮状病毒(RV)是引起猪病毒性腹泻最主要的3种病毒，临诊症状都是以腹泻为主，很难区分。要鉴别诊断，用电镜可以很容易区分冠状病毒和轮状病毒，但是不能区分RV和TGEV，同时电镜检查的成本较高，在生产中难以推广。但用分子生物学技术，如cDNA探针、RT-PCR等可快速鉴别诊断以上3种病毒，病毒间无交叉反应。 imuyi.com
