肉眼可见尸体脱水明显，主要病变在胃和小肠。哺乳仔猪的胃常胀满，滞留有未消化的凝乳块。
3日龄小猪中，约50%在胃横膈膜憩室部黏膜下有出血斑，胃底部黏膜充血或不同程度的出血，小肠内充满白色或黄绿色液体，含有泡沫和未消化的小乳块，肠壁变薄而无弹性，肠管扩张呈半透明状。
肠系膜出血，主要是肠绒毛萎缩引起的。肠上皮细胞脱落最早发生于腹泻后2h，另外可见肠系膜充血，肠系膜淋巴结轻度或严重充血肿大，肠上皮细胞变性后呈扁平或方形的未成熟细胞。
将空肠纵向剪开，用生理盐水将肠内容物冲掉，在玻璃平皿内铺平，加入少量生理盐水，在低倍显微镜下观察，可见到空肠绒毛显著缩短。
组织学检查，黏膜上皮细胞变性、脱落。
