猪细小病毒感染可以依据临诊症状和流行病学做出初步诊断，一般认为，如果仅妊娠母猪发生流产、死胎、木乃伊胎、胎儿发育异常等繁殖障碍症状，同时有证据表明是传染性疾病时，应考虑到猪细小病毒感染的可能，但是进一步确诊必须进行实验室诊断。
自从首次报道猪细小病毒病以来，国内外学者对该病的诊断方法进行了大量研究，从病毒分离鉴定、血凝及血凝抑制试验、酶联免疫吸附试验、荧光抗体试验、乳胶凝集试验等，到核酸探针、聚合酶链式反应(PCR)等，但是各种诊断方法各有利弊，其中血凝及血凝抑制试验已经得到了国内外学者的普通认可，在临诊检测中被广泛应用。
病毒分离和鉴定是直接检测病原，其用于诊断的最大优点是结果准确可靠，可以作为最后确诊，但是检测结果常受胎儿死亡时间的影响。
一般用于检测该病的病料为流产或死产胎儿的新鲜脏器(如脑、肾、肝、肺、睾丸、胎盘及肠系膜淋巴结等)，其中以肠系膜淋巴结和肝脏的分离率最高。
间接免疫荧光技术是鉴定猪细小病毒病抗原可靠而又敏感的诊断技术。取胎猪组织制备冰冻切片，再与标准化试剂反应，在几小时内可以完成试验。免疫荧光抗体技术其有特异、敏感、快速、检出率高的特点，是实验室进行病毒分离鉴定常用的辅助方法。
在猪细小病毒的血清学诊断方法中，血凝抑制(HI)试验是检测猪细小病毒抗体最常用的方法，一般采用试管法或微量法。该方法相对比较简单、方便，灵敏度也较高，不过在该方法操作中，需要对待检血清进行热灭活处理，然后用红细胞泥吸附，以除去血清中的非特异性血凝素，进而用高岭土吸附以除去或减少血清中非特异性血凝抑制因子。
影响血细胞凝集的因素有：试验温度、红细胞种类、供血动物的年龄等。近些年，建立了检测PPV血清抗体的乳胶凝集诊断方法，致敏的乳胶抗原与PPV阳性血清反应，可以产生肉眼可见的凝集颗粒，其特异性较高，具有简便、快速、经济等优点，尤其适合于临诊上的现场检测和该病的早期定性诊断，被许多学者誉为“傻瓜技术”。 imuyi.com
核酸探针技术是一种分子水平的检测技术，具有快速、敏感、特异性强等特点，特别适用于疾病的早期诊断和类症鉴别诊断，是近二十年来应用较多的一项诊断技术，适宜于实验室进行猪细小病毒感染的诊断。但该方法的技术含量高，只能在专业实验室应用，不适合大面积临诊诊断和现场应用。
猪细小病毒病应与流行性乙型脑炎、伪狂犬病、猪繁殖与呼吸障碍综合征、慢性非典型猪瘟、衣原体感染、猪布氏杆菌病等疾病进行鉴别区分。
