猪流行性腹泻病毒(PEDV)为冠状病毒科冠状病毒属的成员。病毒形态略呈球形，在粪便中的病毒粒子常呈现多形态，平均直径为130nm(95～190nm)。有囊膜，囊膜上有花瓣状纤突，长12～24nm，由核心向四周放射，其间距较大且排列规则，呈皇冠状。病毒在蔗糖中的浮密度为1、18g/mL。
病毒核酸为线性单股正链RNA，具有侵染性。基因组长为27000～33000个核苷酸(nt)，分子量为6×106～8×106。
免疫荧光(IFA)和免疫电镜(IEM)试验表明，猪流行性腹泻病毒与鸡传染性支气管炎病毒(IBV)、猪血凝性脑脊髓炎病毒(HEV)、新生犊牛腹泻冠状病毒(NCDCV)，犬冠状病毒(CCV)、猫传染性腹膜炎冠状病毒(FIPV)之间没有抗原相关性。但更敏感的试验检查表明，其中PEDV的N蛋白和FIPV的N蛋白有一定相关性。中和试验和ELISA等都证明PEDV和TGEV在抗原性上不同，无共同抗原。目前，尚无迹象表明存在不同的PED血清型，所有分离的PEDV毒株属于同一个血清型。
本病毒不能凝集人、兔、猪、鼠、犬、马、羊、牛的红细胞。对外界抵抗力弱，对乙醚、氯仿敏感，一般消毒药物都可将其杀灭。病毒在60℃ 30min，可失去感染力，但在50℃条件下相对稳定。病毒在4℃，pH5.0～9.0或在37℃，pH6.5～7.5时稳定。
