单凭临诊症状不能区分猪水疱病、口蹄疫、猪水疱性疹和猪水疱性口炎。因此发现临诊症状后必须尽快进行实验室确诊。
1、生物学诊断
将病料分别接种1～2日龄和7～9日龄乳小鼠，如两组小鼠均死亡者为口蹄疫；1～2日龄乳小鼠死亡，而7～9日龄乳小鼠不死亡者为猪水疱病。
病料经pH3.0～5.0缓冲液处理后，接种1～2日龄乳小鼠，死亡者为猪水疱病，反之为口蹄疫。一般接种途径为腹腔、皮下或脑内接种，48h后出现渐进性运动神经麻痹，2～10天窒息死亡。
2、病毒分离鉴定
猪水疱病病毒主要存在于病猪的水疱液和水疱皮中，淋巴结与脊髓中的病毒含量也较高，而肌肉与内脏的含毒量很低。
因此，分离病毒应采集3～5头病猪蹄部未破溃的水疱液1～2mL装入灭菌的瓶内，加青霉素1000IU/mL、链霉素500IU/mL，不加保存液，冷藏待检。通常主要采集新鲜的水疱皮3～5g，浸入pH7.6的含50%甘油的PBS缓冲液中，冷藏，迅速送至国家指定的参考实验室进行病毒的分离鉴定。
鉴定时取出水疱液加青霉素和链霉素粉末以抑制细菌，若用水疱皮则需在研钵中剪碎、研磨，用pH7.6的PBS制成1:10悬液，加双抗反复冻融2～3次，离心沉淀后取上清为病毒材料。
采用抗原捕获ELISA方法进行水疱病病毒抗原检测；如果结果不确定，则需要将病料接种敏感细胞，如IB-RS-2、原代牛甲状腺细胞和原代或传代牛肾细胞，这3种细胞对FMDV均很敏感，而SVDV仅对猪源细胞敏感。出现致细胞病变效应时，再用ELISA检测SVDV病毒抗原，即可确定是否发生水疱病。 imuyi.com
3、血清学诊断
血清学诊断方法一般用于常规的流行病学调查、免疫检视和进出口检疫。血清学诊断方法很多，包括双向琼脂扩散试验、放射免疫扩散试验、对流免疫电泳试验、微量中种试验和ELISA。
微量中和试验和ELISA是最常用的方法。
微量中和试验是公认的进行SVDV感染猪血清抗体检测的标准方法，但需要2～3天的时间。有大约0.1%的未接触病毒的临诊健康猪血清抗体可能为阳性。
5B7单克隆抗体竞争 ELISA(MAC-ELISA)是检测SVDV感染猪血清抗体的一种可靠方法，大约有1%的健康猪血清抗体为可疑或阳性，这时需要采用微量中和试验对这些血清样本进行复检，这些血清中一般会有10%为阳性。ELISA检测为阳性，但微量中和试验检测为阴性的猪可以判为未感染，对血清抗体双阳性的猪及其同群猪要采样复检。
由于猪水疱病临诊症状比较温和，存在亚临诊或隐性感染猪，因而在采集血清样本时，要同时采集可疑猪和同群健康猪的血清，检测血清抗体的变化，这样才能及时发现疫情。
